不自然な被リンクが原因で、急激に順位が下落したりウェブマスターツール経由での警告メッセージが届くなどといった事例が2011年終盤以降急速に増えたことが今でも話題となっております。
これには主な原因が2つあり、混同されることがしばしばありますので、その違いを簡単に説明させて頂きます。

①アルゴリズム(機械的処理)による順位下落

アルゴリズムによる順位下落の場合、特に人的な対処が行われたわけではありませんので、問題個所を修正し、それが次回インデックス更新時に反映されていれば、理論上は順位も回復することになります。

「ペンギンアップデート」というアルゴリズムが4月に導入されましたが、こちらも低品質なウェブサイトからのリンクの評価を大きく下げるアルゴリズムですので、この影響で順位が下落したケースでは、ペナルティ(手動対応)ではなくアルゴリズム(機械処理)となります。

②手動でのペナルティによる順位下落

一方でペナルティ（Manual action）は、検索エンジンの定めるガイドラインに明らかに違反しているとみなされた場合に、文字通り人的な処理を通じて順位下落やインデックス削除（検索結果に一切非表示となる事象）などの措置が取られます。最近は、この中でも「過剰な被リンク対策」に対して順位下落措置がとられるケースが急増しています。
（最近では、手動対応でペナルティが課されるほぼ全てのケースで　ウェブマスターツール上に、ガイドライン違反の警告メッセージが届きます。）

この状況になってしまった場合には、回復には非常に大きな労力を要することが大半で、根本的に問題点を改善した上で、再審査のリクエストを送付してそれが受理されてようやくペナルティを解除されます。

SEO会社がリンクを外してくれない、過去の被リンク対策の中で外せないものが多くある、などの場合は、いくらリクエストを送付してもペナルティは解除されません。
もちろんその場合、そのウェブサイトでのSEOはその後ほぼ絶望的なものとなります。

※「格安で大量のリンクを貼ります」系のサービスは特に注意が必要です。

弊社では、SEO対策や順位変動に強いホームページ制作に力を入れています。

SEO対策サービスについて、詳しくはこちらもご覧ください。
SEOに強いホームページ制作・運用サービスとは